近年兩岸官方敵意螺旋不斷上升,宗教成為民間交流、撫慰人心的重要力量;淨耀法師多年來赴陸弘法,也藉由佛誕文化節、藥師佛文化節等大型活動,邀請對岸宗教界高層及長老、大師共襄盛舉。
對於兩岸僵局,淨耀法師十分掛心,他說自己雖不參與政治,但關心兩岸和諧;兩岸關係若未處理得當,哪天擦槍走火還是老百姓遭殃。政治人物要深思,個人的理想不可建築在國家及人民的災難上;人民交付權力,就要去想如何讓他們安居樂業。今年6月,淨耀法師應邀會見蔡英文總統,即表達了此一想法;他也說到,能夠坐到這個位子是福德的展現,坐上大位不會是永遠,但可以創造更大的福德、也就是弘化利生,改善大家的生活及經濟,而搞好兩岸關係就是王道。
7月12日,淨耀法師受國民黨榮譽主席連戰之邀同赴北京,7月13日先後會見中共總書記習近平及大陸全國政協主席汪洋,淨耀法師當即表達,兩岸同根同源,人民都很善良,絕不可因少數人想法做出不適當之事,傷害到人民。兩位大陸領導人物也認真聆聽,善意回應。
淨耀法師說,目前大陸鷹派勢力高漲,習對台雖有善意,但單掌拍不響,雙掌才會造成鼓舞;領導人若不能意識到覆巢之下無完卵,那是很危險的,民主國家要打仗,人民能否接受?而如果一味醜化對岸的惠台善意,傷害的只是台灣人民的利益;兩岸要有人協調,不要衝突,人民也要有自覺,不要讓衝突發生。
最後淨耀法師強調:「我是一介僧人,以世界和平、人民安樂為念;所以強烈期盼兩岸能和諧、國家能強盛、人民能安樂,這是我最大的心願之所在!」