衛長陳時中13日宣布，國內新增25例確診，其中13例為本土，12例境外移入，雖萬華茶藝館累計7人確診，惟陳時中不鬆口此為群聚事件，因此不構成單周3起群聚事件的定義，他再三強調國內尚不需升至第三級警戒。晚間指揮中心再宣布新增2例確診，是否為本土無法確定，13日累計增27例確診。
若進入第三級，僅保留維生、醫療、公務、秩序維持和必要性服務者。陳時中首度舉例說明可被保留繼續營運的「維生與生活必需」，包含大眾交通、水電、銀行、郵局、餐飲、賣場等都能在第三級時期維持營業，惟根據疫情規模而決定關閉與否，會有一定彈性。
13日新增13例本土病例，有9例與「案1203（新北五股獅子會前會長）」群聚有關，4例與萬華茶藝館事件有關。依指揮中心說法，目前共兩起社區群聚事件，第一為獅子會前會長，至今共計20人群聚確診；第二起為宜蘭遊藝館，至今共計8人群聚確診。而北市萬華區多家茶藝館接連查出確診病例，至今有7人確診。北市內湖某辦公大樓也傳出有員工家屬確診，已全棟消毒，公司均停班一天。
陳時中13日立法院受訪時表示，獅子會群聚、宜蘭遊藝館與華航諾富特飯店事件病毒基因定序完全相同，都是「英國變異株」，而萬華區染疫個案則和獅子會群聚個案有「人跟人的連結」，推估可能是同一起群聚案，恐為一連串傳播鏈，故防疫等級升為三級可能性變小。
副指揮官陳宗彥也宣布，已於13日針對4月15日至5月12日曾到萬華一帶民眾發送約60萬封警示簡訊，提醒有疑似症狀，應至社區採檢院所評估。
外界懷疑是否病毒株來自華航？陳時中強調，現在只能在境內不斷圍堵，盼能擋下病毒，但還無法判斷感染源在哪，只能依據現有證據去防堵。
此外，經濟部13日提出轄管公共場域防疫大升級，包含百貨及購物超市啟動人流管制、傳統市場和夜市禁止試吃、實體展覽全數停辦、維持關鍵基礎設施核心功能持續運作，嚴守社區防線。
在製造業營運方面，經濟部表示，維持工廠既有運作，但請業者落實實聯制，並依指揮中心發布的企業因應疫情持續營運指引辦理防疫措施。至於關鍵基礎設施，各設施完成持續營運整備，加強防疫管制及規劃換班作業，維持關鍵基礎設施核心功能持續運作。