據報導，最近行政院規劃組織再造的推動，政策規劃重點在於廢除科技部，恢復國科會，並將國發會政府資訊管理、行政院資安處，及部分原NCC國家通訊傳播委員會的業務和交通部電信業務等撥出；同時，再併入工業局的電子資訊組、技術處的若干單位與資策會，整合成立數位發展部。
此一再造固然有利科技資源的協調整合，科技部不再球員兼裁判，對若干數位經濟的新領域有新的督導單位等好處，但並沒有解決科技資源上下游的整合，以及科技資源分配不均、頭重腳輕的情況。同時，也製造更多的問題。包括：第一，事先是否徵詢經濟部、相關部會的意見；第二，借調了工業局的電子資訊組、技術處相關單位，原來的工業局可能演變成「傳統產業局」，使目前產業M型化的傾斜程度更加惡化，傳統產業的發展缺少了電子資訊技術，將更為弱勢；第三，數位發展部和經濟部的資源爭奪、本位主義將更加明顯。數位發展部的資源不斷增加，但有權無責，而經濟部資源處於弱勢，變成有責無權，對未來產業發展不利。
這種頭痛醫頭，腳痛醫腳，沒有整體規劃的組織再造，只能說是為再造而再造，對整體科技的競爭力反而是種傷害。
我們認為政府的組織再造不應該為再造而再造，而是要能夠確實解決科技、經濟問題，才不至於像科技部成為最短命部會。政府必須認清，組織再造的首要任務應釐清，組織再造想解決什麼問題？欲達成的目標是什麼？我們認為數位發展部成立的目標應該是「建構良好的數位環境，協助企業加速數位轉型，強化台灣在數位時代的競爭力。」
而欲解決的問題包括：其一，掌握國際間科技部會的重整模式與趨勢；其二，解決數位經濟的跨部會整合問題，尤其是若干「三不管」地帶的領域，如平台經濟、數位經濟、共享經濟的發展等；其三，法規的規範、基礎建設的提供，應該和產業發展相互協調整合，才不會有窒礙難行的地方；其四，考量組織再造後的任務編組及各單位資源分配的合理性；其五，科技的規劃、技術的開發，以及產業的發展，可以充分整合、連成一氣；其六，創業、創新，加速器等工作分散在各部會，應尋求整合，加強事權統一與更有效率的運作；其七，科技發展基金如何支應數位發展單位的需求，從選題、規劃、流程到管考應公開、透明，避免成為各部會的酬庸工具等。
由前述目標的達成與問題的解決觀之，我們認為在科技部、經濟部、科技會報辦公室等三個部會、機構的組織再造上，科技會報辦公室的編制應該維持，並繼續擔任協調部會及資源分配的規劃單位；而科技部和經濟部合併為科技經濟部，使事權統一，科技的規劃研發，到中游的技術開發，乃至下游產業發展應用連成一氣，才能真正強化產業的競爭力。
我們認為，科技經濟部成立的理由如下：第一，借鏡先進國家的作法。目前不少國家都是採科技經濟部的組織型態，以因應科技、經濟的協調、整合問題，例如韓國的作法就相當值得借鏡。
第二，科技經濟部使得上游的科技，中游的技術，到下游的產業發展，可以一氣呵成，整合資源落實規劃，促成政策的有效執行。同時，由部長統籌資源的配置，才不會產生科技部、經濟部搶奪資源，爭功諉過及資源分配頭重腳輕的現象。
第三，科技經濟部有更多的人才，更多的資源可以針對若干新興的數位領域加以規劃。目前不少新興領域如平台經濟、資料經濟、數位經濟、共享經濟等，缺乏主責部會，由科技經濟部進行規劃、研發及推動產業發展的任務再適當不過了。
第四，法規管制、基礎建設建置，以及產業發展可以在本身部會內，進行更廣泛的溝通。科技、經濟合成一體不會有跨部會協調，互相掣肘、窒礙難行的地方。
以資通訊安全為例，資通訊安全固然是重要施政目標，但科技經濟部將來不會只有監管的角色，而且兼任發展的重責，這才是產業界對數位發展的真正期許，如果數位發展部跟經濟部仍舊各自為政，如此一來，規範、監管跟產業發展各行其是，很難落實產業發展的任務。
綜上所述，光是科技會報辦公室、科技部兩個單位的組織再造，無法解決數位經濟面臨的問題，也無法達成數位轉型的目標，應納入經濟部，使科技會報辦公室繼續存在，負責協助及資源配置的角色。而將科技部和經濟部合併成立「科技經濟部」，使事權統一。上游的科技、中游的技術到下游的產業發展，可以更有效率的整合，方能達成提升整體產業競爭力的目標。不此之圖，組織再造若充滿政治的算計、權位的分配、資源的攫取等考量，台灣產業科技的競爭力將一點一滴的流失。