桃園外海藻礁的環保議題，在公民參與協會理事長何宗勳、荒野保護協會理事長徐仁修、桃園在地聯盟理事長潘忠政等人帶頭衝刺下，成功挑戰高難度的公民投票連署，在3月1日連署人數跨過成案門檻，並且隨即引爆政黨、網軍、與環保團體內部的劇烈鬥爭，藻礁保護的問題雖然因此獲得全民關注，卻也同時成為高度政治化、非黑即白的正反對決。
「藻礁保護」是具有高度價值的環保運動，參與的環保人士在經歷十載的堅持之後，最終選擇用公投作為運動的目標，「藻礁公投」即將成案的此時，社會各界清楚看到，這個公投議案將環境保育、能源選擇、經濟發展、電力穩定、乃至中油與台電合作等完全不同層面的公共政策議題，簡化成為「您是否同意中油第三天然氣接收站遷離桃園大潭藻礁海岸及海域？」的課題，丟給全國民眾做出「是／否」的單一選項。
一刀切的公民投票，對於複雜專業的公共政策議題到底是禍是福，當然有待各界討論，理論上，公民投票具有高度全民政治的理想性，也是中華民國憲法明定「複決」的公民權利，不過台灣從2004年陳水扁擔任總統時開啟公投，歷次公投卻淪為選舉綁票、政黨惡鬥的武器，當今的執政黨無疑必須負起全責。
公投早年被民進黨作為全民民主的政治訴求，民進黨的精神領袖林義雄更用三十年的努力推動核四公投，然而，從陳水扁操作「公投綁大選」，把原本應該是論證重大公共政策的公民投票，染色成為政黨對立的選舉工具之後，台灣歷次公投就淪為政黨惡鬥的工具，2016年民進黨全面執政，修改公投法大幅下修連署與通過門檻，但是2018年與今年的實施經驗仍然令人搖頭，公投結果也被政府用行政與立法手段扭曲或者不執行，當年一路衝刺公投立法的民進黨，在執政後將公投決議弱化成耗費巨大社會資源的民意調查，除了少數操作公投的政治人物或是利益團體，大多數人民只覺得遭到綁架，淪為台灣民主制度的痛點。
藻礁議題演變成為使用公民投票的政治對決，是親痛仇快、而且對台灣經濟穩定發展、環境永續都毫無助益的發展。藻礁議題原本是民進黨的囊中物，帶頭衝刺的環保團體原本就多數與民進黨有深厚的源淵，蔡英文總統、桃園縣長鄭文燦、以及民進黨的高層早在2013年就公開表態支持藻礁保護，大潭接收站的建設與藻礁保護的價值取捨，有非常多的時間與工具可以進行深入的溝通，而公共政策辯論的工具，從最初始的意見交換、地方政府層級的會議一直到中央層級的立法院公聽會、港口建設的環評會議，中油與台電的決策、乃至政府從上到下的行政指令，而蔡英文從2016年勝選總統至今，執政也已經進入第五年了，應該說，執政黨擁有可以解決藻礁問題的工具與時間，卻一路錯失或誤判，無法卸責。
要台灣一千六百多萬公民，用公民投票的方式來決定大潭天然氣三接是否廢止，實在是強人所難。實質上，被要求投票的公民不可能正確判斷港口建設到底會對藻礁生態造成多大層面的衝擊，不可能知道接收站轉移到台北港的機會成本，因此造成時程拖延到底有多少年，增加中油與台電多少財務成本，乃至天然氣逐步取代高污染燃煤發電的計畫受到多大負面衝擊，至於數以千萬人民的供電穩定，攸關經濟發展與國民就業的工業用電需求，甚至蔡英文高舉永續能源的進步政策，都是需要密切整合不同部門與組織、經過縝密計算與客觀數據支持的專業決策，如果最終必須訴諸無形的意識形態或是黨派認同的公民投票來決定，無疑是所有專業決策機制失效的警訊。
面對國民黨提出的反萊豬公投、公投綁大選、以及重啟核四公投、加上珍愛藻礁四項公投議題，台灣的公投制度實踐至今，和全民參與公共政策的憲法複決原始目標越行越遠，變成一次又一次耗費巨大資源的意識形態對決，最終不論是正方或是反方獲勝，對於公共政策問題的解決都沒有幫助，而預期中的政黨惡鬥更將撕裂社會。
藻礁議題發展至今，對台灣各大政黨與政治領袖，應該是一記響徹雲霄的警鐘，公共論述機制的失能，政府溝通能力的低落，決策部門主管與官員自掃門前雪，只求自保卻放任整體社會福祉的惡化等病灶，暴露無遺。
政治是眾人之事，人民繳稅給政府，是要政府解決困難的事物，不是要政客製造問題，對藻礁議題責無旁貸的執政黨，以及正在努力攻堅的在野黨，必須面對公投制度製造出的問題，必須聽到多數人民憎恨的聲音，如果只在政治算計中追求親痛仇快，對於任何人都不會有任何好處。